MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_4

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017321	TGAG	2	8	64	71	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017321	CGC	2	6	83	88	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_017321	AGCG	2	8	340	347	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017321	CAG	2	6	437	442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017321	T	6	6	487	492	0 %	100 %	0 %	0 %	384545955
6	NC_017321	TGA	3	9	590	598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384545955
7	NC_017321	GCG	2	6	650	655	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017321	CCG	2	6	708	713	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_017321	GCC	2	6	729	734	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_017321	GGT	2	6	806	811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017321	GAT	2	6	882	887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384545956
12	NC_017321	CTG	2	6	940	945	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384545956
13	NC_017321	GAA	2	6	994	999	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384545956
14	NC_017321	GAA	2	6	1032	1037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384545956
15	NC_017321	TC	3	6	1053	1058	0 %	50 %	0 %	50 %	384545956
16	NC_017321	GCC	2	6	1077	1082	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384545956
17	NC_017321	A	7	7	1139	1145	100 %	0 %	0 %	0 %	384545956
18	NC_017321	GGC	2	6	1184	1189	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384545956
19	NC_017321	TAC	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384545956
20	NC_017321	CCG	2	6	1341	1346	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384545956
21	NC_017321	GAAAC	2	10	1375	1384	60 %	0 %	20 %	20 %	384545956
22	NC_017321	CGG	2	6	1536	1541	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384545956
23	NC_017321	GAA	2	6	1542	1547	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384545956
24	NC_017321	AG	4	8	1618	1625	50 %	0 %	50 %	0 %	384545956
25	NC_017321	CGA	2	6	1651	1656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384545956
26	NC_017321	GAA	2	6	1670	1675	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384545956
27	NC_017321	A	6	6	1760	1765	100 %	0 %	0 %	0 %	384545956
28	NC_017321	GAT	2	6	1789	1794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384545956
29	NC_017321	GCA	2	6	1795	1800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384545956
30	NC_017321	AGGA	2	8	1802	1809	50 %	0 %	50 %	0 %	384545956
31	NC_017321	ATG	2	6	1838	1843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384545956
32	NC_017321	GAT	2	6	1906	1911	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384545956
33	NC_017321	GAA	2	6	1925	1930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384545956
34	NC_017321	GCGT	2	8	1980	1987	0 %	25 %	50 %	25 %	384545956
35	NC_017321	AGC	2	6	2145	2150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384545956
36	NC_017321	CAG	2	6	2273	2278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384545956
37	NC_017321	TGC	2	6	2280	2285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384545956
38	NC_017321	GAGC	2	8	2290	2297	25 %	0 %	50 %	25 %	384545956
39	NC_017321	AG	3	6	2341	2346	50 %	0 %	50 %	0 %	384545956
40	NC_017321	GGAACG	2	12	2385	2396	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384545956
41	NC_017321	TGT	2	6	2466	2471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017321	T	6	6	2490	2495	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017321	TGGT	2	8	2503	2510	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017321	TCAG	2	8	2533	2540	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017321	GT	3	6	2592	2597	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017321	TCT	2	6	2676	2681	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017321	CTGG	2	8	2722	2729	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017321	GGT	2	6	2809	2814	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017321	TTG	2	6	2815	2820	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017321	CTG	2	6	2835	2840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017321	ATAGGG	2	12	2932	2943	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384545957
52	NC_017321	TCCG	2	8	3079	3086	0 %	25 %	25 %	50 %	384545957
53	NC_017321	AGT	2	6	3095	3100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384545957
54	NC_017321	TGT	2	6	3101	3106	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384545957
55	NC_017321	CTT	2	6	3138	3143	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384545957
56	NC_017321	TTA	2	6	3168	3173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384545957
57	NC_017321	TAT	2	6	3208	3213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384545957
58	NC_017321	TC	3	6	3214	3219	0 %	50 %	0 %	50 %	384545957
59	NC_017321	TAA	2	6	3223	3228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384545957
60	NC_017321	GTT	2	6	3249	3254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384545957
61	NC_017321	CAA	2	6	3378	3383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017321	TCT	2	6	3424	3429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384545958
63	NC_017321	T	6	6	3438	3443	0 %	100 %	0 %	0 %	384545958
64	NC_017321	GCG	2	6	3444	3449	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384545958
65	NC_017321	CTG	2	6	3456	3461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384545958
66	NC_017321	CAAA	2	8	3466	3473	75 %	0 %	0 %	25 %	384545958
67	NC_017321	A	7	7	3471	3477	100 %	0 %	0 %	0 %	384545958
68	NC_017321	GGT	2	6	3492	3497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384545958
69	NC_017321	TTC	2	6	3529	3534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384545958
70	NC_017321	TGG	2	6	3550	3555	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384545958
71	NC_017321	CCA	2	6	3601	3606	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_017321	GCT	2	6	3654	3659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017321	G	6	6	3740	3745	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017321	CA	3	6	3752	3757	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017321	G	6	6	3987	3992	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017321	CTT	2	6	4025	4030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.